同じ10mの範囲で比べると一目瞭然。
メーターモジュールと尺だと、尺の方が圧倒的にマス目が細かい。当然それだけ間仕切りの自由度が高いです。
しかし同じ4×3の部屋を取ったとしたら、メーターの方は「4m×3m」となるのに対し尺では「3.64ｍ×2.73m」と狭くなってしまう。また基本的に1マスだけを使う階段や廊下などでは、幅に9cmの差が出てきます。
いくらフリープランと言っても基本的にこの決まり（マス目による間仕切り）は守らないといけないので
顕著に現れてきます。（場所によっては動かせます。体力壁以外は比較的動かし安いみたいです）

そしてもう一つの特徴は

法律により土地に対して建てられるスペースが決まっています。この面 積に尺モジュールがピッタリ合ったとすると、同じコマ数にしたメーターモジュールでは、はみ出てしまいます。 ということは問題なく収めるためには一列外さないとイケマセン。結果 、家自体が小さくなってしまいます。しかし、逆にメーターモジュールにピッタリ合う敷地だったら 尺モジュールの方では一列削ることになります。
つまりどっちが良いということではないですね。ご自身のスタイルや土地の形状とご相談。